本處圳路暨水利設施改善，係藉由工作站日常巡查及蒐集地方意見，向本處提報改善，經本處實地勘選後，編制計劃書，向中央爭取經費辦理改善。
本處工程，除部分重大工程委託專業工程顧問公司辦理外，其餘工程皆由本處同仁辦理測量、設計、繪圖及編制預算書等，並依【政府採購法】以公平、公正、公開之採購程序辦理工程發包。
為使工程施工能夠更加公開化、透明化並帶動全民督工之風氣，施工前本處均召開施工說明會，邀請當地農民及毗鄰兩側地主参加，共同了解工程之規劃與內容，充分與地方雙向溝通，期使工程順利進行暨提昇工程施工品質。
本處渠道改善工程，除須滿足灌排需求及防止輸水損失外，視個案工程之特性，於工程用地許可範圍內，擇合適之工址施設生態措施，如施設生態孔(槽)供魚蝦躲藏、設置生態廊道讓生物通行，以兼顧環境生態之保護。
本處管理之渠道大多緊鄰農田，早年渠牆厚度僅設置12~15公分，農民為巡視田區，總在渠牆背後填土方便通行，致使雜草叢生；現在滿足灌排需求及用地足夠的條件下，將渠牆厚度設為25公分並設置止滑槽，方便農民巡視田區，及減少維護成本。
早年農機版橋以2公尺為原則，因考量農耕施作方式改變，在不影響灌排管理的原則下，將農機版橋加寬至4公尺，方便農機出入田區。
本處管理之渠道大多緊鄰農田，需藉農田闢出一條施工便道以利施工，為避免施工機具載重行走時破壞牛踏層，行經農田之施工便道均鋪設鋼板，藉此保護農田並降低對耕作之影響。
工程品質由承商進行第一級管理，由本處主辦及監造單位進行施工品質抽查驗，確認承商施工品質符合設計及契約規定，並由農委會、農水署以及工程會進行督導查核，輔助主辦及監造單位之查證方式，藉以落實施工三級品管制度。本處另外成立工程督導小組，除不預警對施工中工程加以督導，並抽驗隱蔽部分，強化對施工品質之控管。
本處於大型或特殊之工程，於完工後邀請當地民眾參加竣工說明會，向在地民眾說明工程計畫的緣由、內容、經費、施工期程及工程效益，並分享工程成果。