妨害水利案件取締及糾紛處理
凡破壞水利設施、侵占或占耕水利用地、違反灌溉排水計畫及管理秩序、任意阻塞水路、傾倒廢棄物及污染水質等，直接或間接侵犯農民權益；影響水利業務營運之行為者，均視為妨害案件，應視其情節輕重，依勸導、協調、告發等程序處理之。本處職員為執行取締、告發水利妨害案件，若受人身攻擊，或被阻礙執行業務時，可依妨害公務訴請法院處理。
種類
（一）灌溉排水妨害
農田水利設施範圍內，禁止為下列行為：
- 填塞圳路。
- 毀損埤池、圳路或附屬構造物。
- 啟閉、移動或毀壞水閘門或其附屬設施。
- 棄置廢土或廢棄物。
- 採取或堆置土石。
- 其他妨礙農田水利設施安全或功能之行為。
（二）竊占水利用地
- 竊占建築：擅在水利用地上建築或搭建建造物。
- 竊占墾種：擅在水利用地上種植作物或竹木。
（三）妨害公務
- 本處職員依法執行執務時，遭受強暴、脅迫致妨礙或不能行使職務者。
- 脅迫管理人員啟閉水門、閘門或管制設備者。
處理程序及方法
- 勸導：本處管理人員於糾紛或妨害案件發生時(包括農民發現轉報或陳情)，即需查明當事人及利害關係人之姓名、年齡、住址、妨害類別、發生時間、地點、情形等，若情節輕微，應立即勸導肇事人自行拆除並恢復原狀(侵占案件)、遵守配水秩序(搶水或盜水案件)或清除水路廢棄物(阻塞水路案件)等。
- 協調：妨害水利案件發生後經勸導未果，工作站區段管理員應即確實採證，查研實情(應拍照以為存證)並由本處邀請水利小組長、地方有關人士及當事人進行協調尋求解決辦法，並將協調結果作成妨害水利協調紀錄。
- 告發：妨害水利案件經工作站依勸導、協調均未果時,即將處理過程報請本處依法處理。
法令依據
- 農田水利法。
- 農田水利法第三十一條情節輕微及減免標準。
- 刑法第二五二條、三二〇條、三五四條。
本處各工作管區人員會不定期巡防圳路，常見違規態樣如下:
於圳路上方堆置雜物
堆置雜物取締前
堆置雜物取締後
堆置雜物取締前
堆置雜物取締後
圳路內種植茭白筍及搭建菜瓜棚
圳路內搭建菜瓜棚取締前
圳路內搭建菜瓜棚取締後
農田水利會改制為公務機關，其最大特點為針對破壞農田設施等行為，可直接依據農田水利法第30條等規定行使公權力裁罰，如此將可更有效、迅速提升灌溉秩序管理。
農田水利法第三十條 ：有下列情形之一者，由主管機關處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得令其限期改善；屆期未完成改善者，得按次處罰：
（一）違反第八條第一項規定，未經主管機關許可，變更或拆除農田水利設施或未依許可內容辦理變更或拆除。
（二）違反第十二條第一項規定，未經主管機關許可，兼作其他使用。
（三）違反第十三條第一項規定，未經主管機關許可，於農田水利設施範圍內施設擅設物。
（四）違反第十六條第一項規定，於農田水利設施範圍內為禁止之行為。
（五）違反第十六條第二項規定，未經主管機關許可，擅自引取農田水利設施範圍內之灌溉用水。
請民眾切勿違反農田水利設施範圍內禁止之行為或竊占水利用地等，違者將依法究辦，民眾切勿以身試法。本管理處將秉持著勿枉勿縱之精神，依法行政。