「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」以直轄市、縣(市)政府主管之河川、排水、海岸防護等淹水改善為主體，並考量流域集水區整體治理，納入流域內之下水道、農田排水、坡地水土資源保育、養殖漁業排水、造成排洪瓶頸之省道橋梁一併改善，並加強生態檢核工作。其中，有關農田排水、埤塘、圳路改善之治理工程範圍包含直轄市、縣(市)河川、排水流域內，農田水利署灌溉區域內(外)農業生產環境之農田排水、埤塘、圳路及設施構造物須一併改善者納入辦理，以降低淹水風險、提升農業產區保護並減輕洪災損失。工程設計時以水患改善為主，可一併考量水岸環境改善及灌排分離工作，配合推動友善環境營造，納入生態檢核機制，建立生態環境友善措施。